농림어업인의 삶의 질 향상 및 농산어촌지역 개발촉진에 관한 특별법 개정으로 여객선 운임지원의 근거가 마련되었다.
섬 주민들의 과도한 교통비 부담을 완화하고 도서지역 정주 여건을 개선하기 위하여 2006년 3월 1일부터 도서민 여객선 운임지원제도가 시행과 관련하여 통영시는 2006년 2월 17일 통영시청 전산교육장에서 해당 읍·면 도서민인증시스템 관리자를 대상으로 도서민 인증시스템 정보관리에 대한 교육을 실시하였다
이에 따라 도서면 주민들은 2005년 9월 1일기준 일반운임 대비 20%(정부보조)를 일률적으로 지원받고, 내항여객선사의 도서민 자체할인율(7.7%~43.3%)에 따른 할인금액을 추가로 지원받게 된다
통영시는 이번 도서민 여객선 운임지원제도의 시행으로 6개선사 12척 9개 여객선 항로에 대하여 4개 읍·면 32개 섬지역의 8,260명의 도서민들이 운임지원 혜택을 받을 것으로 보인다
특히 산양읍 오곡～삼천포구간은 선사의 자체 할인율을 포함하여 최대 8,700원을 지원 받을 수 있고, 통영～한산도 대항·당금·소매물도구간은 선사의 자체 할인율을 포함하여 5,800원을 지원받을 수 있어 해당 도서민들의 여객선 운임부담이 완화 될 것으로 예상된다.
한편 도서민 여객선 운임지원제도 시행에 따라 550백만원(국비 375백만원, 도비 375백만원)의 예산이 지원된다.